полисахарид, являющийся компонентом агара, сходный по структуре с агарозой, но содержащий уроновые кислоты и сульфатные группы. Его присутствие в поддерживающей среде может быть нежелательным, так как кислый агаропектин способен образовывать комплексы с некоторыми липопротеидами и сильноосновными белками, такими как лизоцим и слабоподвижный IgG, замедляя их миграцию. Отрицательный заряд агара вызывает движение катионов буфера и молекул воды к аноду, что при электрофорезе может увлекать за собой некоторые белковые фракции.